農貿市場城鎮居民重要的“菜籃子”，我們生活所需的蔬菜、瓜果、肉類、海鮮及其農副制品的進貨渠道大多來自農貿市場。農貿市場往往很難做到干凈整潔，部分小城鎮的農村的農貿市場還沒有污水處理設施，甚至能看到污水橫流的情況。

農村或者城鄉接合部的小型集市型農貿市場在形式上不集中。活家禽交易活動中產生的家禽糞便，活禽屠宰過程中產生的廢水以及腐爛變質的菜葉水果等如果得不到妥善收集處理，極易給環境尤其附近水體造成不同程度的影響和污染。

農貿市場距離城市管網較近的，應優先考慮接入城市污水管網，宜將收集的農貿市場污水通過管道運輸送到污水處理廠集中處理，達到當地環保要求后再排放。由于農貿市場多位大規模的農副產品交易，每天產生的固體垃圾數量巨大，如果處理不妥當則可能引起管網的堵塞。因此農貿市場市場有比較完善的過濾系統將固體垃圾攔截分離開，此外農貿市場的污水管網宜采用大口徑管材，并且盡量減少急彎。

如果農貿市場距離管網較遠，或者管網投資成本過于昂貴。也可以根據當地環保要求，在農貿周邊建立小型污水處理項目，污水處理到環保其要求后就近排放。為節省投資和便于管理，可以考慮性價比較高的的地埋式小型污水處理設施。這類設備采用的普遍為生物處理工藝如AO、A2O、MBR工藝等，可以處理大多數的低濃度生活污水。但是農貿市場情況復雜，如生鮮或者海鮮產品等不再只是簡單的批發銷售，存在二次加工、清洗甚至消毒處理等工序。由此產生的污水不能再等同于一般生活污水，需要專業處理。