水質遠程自動在線監(jiān)測系統(tǒng)的主要功能是作為常規(guī)水質（水環(huán)境）檢測的輔助手段，實現(xiàn)對重點監(jiān)測區(qū)域或斷面（通常包括交界斷面、入口斷面、趨勢斷面、控制斷面、湖庫和飲用水源等）水質變化趨勢的實時在線監(jiān)視；從而在保持水質常規(guī)階段性全面檢測的基礎上，可在一定程度上實時掌握流經監(jiān)測斷面的污染物通量和突發(fā)性變化，掌握監(jiān)測斷面污染物濃度和通量的時間變化規(guī)律，為被測水源和流域污染防治決策和監(jiān)督管理提供在線監(jiān)測手段。
 
水質自動監(jiān)測系統(tǒng)是一個較為復雜的遙測遙控系統(tǒng)，其與一般的水利行業(yè)SCADA系統(tǒng)相比，在數(shù)據(jù)自動采集、處理和傳輸方面沒有過多區(qū)別（僅檢測分析單元的傳感器類型不同）；其復雜性主要體現(xiàn)在監(jiān)測站的采水單元、配水單元的自動監(jiān)控部分，這是一個因部分水質在線傳感器不能直接投入被測水源而引起的，需要具有對每一種監(jiān)測參數(shù)進行水樣采集、監(jiān)測及配水、放水、清洗、反吹以及水樣的自動化流程處理過程，這是一個較為復雜且導致系統(tǒng)建設成本急劇加大的要求。因此如何合理選擇監(jiān)測參數(shù)（盡量少，以能夠達到自動監(jiān)測目的為依據(jù)），盡量選用可直接投入被測水源的水質監(jiān)測傳感器（如一體化多參數(shù)水質在線監(jiān)測儀），努力簡化系統(tǒng)中的采水單元和配水單元（如一體化水質監(jiān)測現(xiàn)場裝置），對于建設高性價比的水質自動監(jiān)測系統(tǒng)是非常重要的。