由相鄰行政單元政府建立的協調機制包括跨界省級政府間、市級政府間、縣級政府間三個層面的協商機制。三個層面通過建立聯席會議、信息通報、聯合處置等相關機制開展協調。三個層面協調尤其以相關縣級政府間建立機制進行協調最為重要，因為跨界流域環境糾紛協調即使是跨省界的國家層面協調最終還是歸結到兩個(或兩個以上)縣級行政單元政府的落實上。國家層面協調通過指導、督促兩省間建立協調機制，兩省相鄰、相關縣級人民政府間建立協調機制，盡可能將問題解決在縣級政府協調機制之內，以減少國家、省和市三級協調成本。

　　強化地方政府對跨界環境糾紛事件的預防

　　預防跨界環境糾紛，實現流域區域協調發展，各級政府要做好定性、定量兩件事。定性是指實現流域產業結構布局符合主體功能區定位；定量是指排污總量滿足環境質量達標要求。

　　一是償還舊賬。各行政單元及各行政單元共同的上一級政府要將本區域產業結構布局不符合功能區定位、排污總量不滿足環境質量達標要求的問題理清楚，將各牽頭部門的任務列清楚，將解決問題的體制機制搞清楚，通過政府目標責任制形式將償還舊賬的目標、時限、工程落實到相關行政單元和各牽頭部門頭上。對未完成目標任務的實行問責制和“一票否決”制(掛牌督辦、區域限批、責任追究等)，對完成目標任務的要予以政策扶持(干部任用、資金扶持、生態補償等)。

　　二是不欠新賬。流域各行政單元及各行政單元共同的上一級政府要統籌規劃，在明確未來發展的經濟增長目標和指標的同時，設定環境保護的目標和指標。規劃實施要確保流域跨界區域功能定位和各功能區環境質量達標的剛性。

　　三是加快發展。在產業結構布局符合主體功能區定位，環境質量滿足達標要求的前提下追求GDP增長。

　　對流域環境保護專門立法

    立法內容應重點解決功能區(水環境功能區、主體功能區)法律地位、劃定主體、劃定內容及資源整合問題。建議國家制定生態功能區劃法，明確生態功能區劃定的法律地位、劃分原則、確定方法、責任主體、法律責任、執法主體。目前國家區域功能定位分由不同牽頭部門確定，涉及水利、環保、發改委等部門，建議國家高度重視功能區劃定重要意義，明確目標、整合資源、依法劃定。

　　流域生態環境保護立法內容還應明確流域跨界區域功能定位和水質標準分類及其評價指標設定問題；明確跨界環境糾紛事件協調處置機制問題；明確水資源跨行政單元分配問題；明確由國家建立跨界流域環境糾紛涉及的損失評估、生態補償及賠償標準問題；明確跨界水污染糾紛“受害方”政府對本轄區立即開展應急處置的責任等問題。